Mälarenergi AB har tre dotterbolag som bedriver olika verksamheter. Mälarenergi Vattenkraft AB förvaltar koncernens 41 vattenkraftstationer. Mälarenergi Stadsnät AB bygger och driver Västerås öppna bredbandsnät och Mälarenergi Elnät AB driver regionens elnät.
Mälarenergi AB är även delägare bland annat i bolagen Svensk Växtkraft AB, Energikontoret i Mälardalen AB samt EFO AB.